L’ÉPITRANSCRIPTOME, LE CODE « INVISIBLE » DE L’ARN QUI CONTRÔLE L’ADAPTATION TUMORALE
Cette étude a été réalisée dans le cadre du consortium Montpelliérain pluridisciplinaire S.M.A.R.T., développant des outils uniques en France d’étude de la chimie de l’ARN à des fins cliniques (financements Région Occitanie et FEDER).
Ce projet est un triptyque impliquant une équipe de biologie du cancer de l’IGF (Alexandre David), une équipe de bioinfomatique du LIRMM (E. Rivals) et une équipe de spectrométrie de masse clinique de l’IRMB (C. Hirtz).
Les modifications chimiques de l’ARN, désignées par le vocable d’« épitranscriptome », représentent un niveau supplémentaire de contrôle de l’expression génique. A ce jour, plus de 150 marques chimiques ont été découvertes dans divers organismes et espèces d’ARN, un code complexe, dynamique et « invisible » aux techniques de séquençage classiques. Cette étude a permis d’identifier une marque chimique dont la simple présence sur certains ARN messagers est suffisante pour favoriser l’adaptation et la survie des cellules tumorales face traitements conventionnels. Cette marque est enrichie dans les « cellules souches cancéreuses » (CSC), le moteur de la tumeur. L’implication de l’épitranscriptome dans l’évolution du cancer ouvre d’intéressantes perspectives pour le diagnostic de la maladie et le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques.
FTO cible des résidus marques « m6A » adjacentes à la « coiffe » des ARN messagers (ARNm), supports intermédiaires de l’information génétique.
Dans des lignées cellulaires dérivées de patients, une expression réduite de FTO accroit le niveau de ces marques et favorise l’acquisition d’un phénotype de « cellules souche cancéreuse »,
sans toutefois modifier le transcriptome cellulaire. L’inhibition du « marqueur » nucléaire PCIF1/CAPAM, restore la sensibilité de ces cellules aux traitements conventionnels.
Lien Publication Nature Communication
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EPITRANSCRIPTOMICS : THE INVISIBLE CODE THAT REGULATES TUMOR ADAPTATION
This study was performed within the framework of the S.M.A.R.T. consortium whose goal is to design innovative tools for the detection and quantification of RNA modifications for clinical purpose (Région Occitanie and FEDER funding).
This project involves a cancer biology team (A. David, IGF), a bioinformatics team (E. Rivals, LIRMM) and a clinical mass spectrometry team (C. Hirtz, IRMB).
Chemical modifications of RNA, a.k.a. “epitranscriptomics”, represents another layer of gene expression control. Hitherto, more than 150 chemical marks have been discovered, from various organisms or RNA species, a complex, dynamic code, undetectable by conventional sequencing techniques. This study allowed us to identify a chemical mark whose presence on mRNA can promote cancer cell adaptation to conventional treatments. This mark is enriched in “cancer stem cells” (CSC) that fuel tumor growth. The involvement of epitranscriptomics in cancer evolution opens exciting perspectives for disease diagnosis and treatment.
FTO targets « m6A » marks adjacent to the “cap” of messenger RNA (mRNA), genetic information-carrying intermediates. In patient derived cell lines, low FTO expression increases these m6A marks.
This, in turn, promotes the acquisition of “cancer stem cell” phenotype without modifying cell’s transcriptome.
Inhibiting PCIF1/PACAM, the nuclear “writer”, restores the sensitivity of cancer cell to conventional treatment.
Publication link Nature Communication
